Molteplici testimonianze attestano, a partire dal sec. XIII, l'origine del prodotto a San Gimignano. La qualità e rinomanza che fin dal 1200 ebbe lo zafferano di San Gimignano è documentata non solo da una significativa esportazione del prodotto verso altre piazze italiane (Pisa 1238, Genova 1291), ma anche dalla inedita direzione assunta dalla corrente di traffico verso i paesi orientali e africani (Alessandria d'Egitto, Tunisi, Damietta, Acri, Tripoli ed Aleppo negli anni dal 1221 al 1247). I guadagni che derivavano dal commercio dello zafferano erano talmente elevati da fare la fortuna di non poche casate, alcune delle quali - come si ricava da numerose fonti - decisero di impiegarli anche nella costruzione delle famose torri, tuttora motivo di orgoglio della città. Spesso lo zafferano compare anche nei donativi: nel 1241, ad esempio, ne vennero inviate dalla Comunità 25 libbre all'imperatore Federico II accampato nelle vicinanze. La documentazione storica sulla coltivazione del croco (termine volgare di crocus sativus) a San Gimignano, è straordinariamente ricca, tanto da consentire perfino la ricostruzione dell'ubicazione dei terreni interessati. Varie fonti assicurano, fin dal 200, l'utilizzo dello zafferano oltre che in cucina, anche nella tintura, nella medicina e nella pittura. Esso viene menzionato in antichi documenti medievali di carattere finanziario o contrattuale, così come nelle leggi e nei regolamenti comunali.
Esistono numerosissime fonti testimoniali che dimostrano la tradizionale coltivazione dello zafferano a S. Gimignano. Tra queste la nutrita bibliografia di cui si riportano alcuni testi:
A. Petino: "Lo zafferano nell'economia del Medioevo" pag. 172; D. Abulafia: "Crociati e zafferano"; E. Fiumi: "Storia economica e sociale di S. Gimignano"; V. R. Ciasca: "L'arte dei medici e degli speziali nella storia del commercio fiorentino dei sec. XII e XV".
Oggi lo zafferano, nonostante non abbia più la grande valenza finanziaria di un tempo, mantiene una notevole importanza in campo gastronomico e farmaceutico. Attualmente lo "Zafferano di San Gimignano" è oggetto di una significativa riscoperta sia sul piano gastronomico che farmacologico. Nel territorio gli usi nella produzione come pure nella lavorazione sono quelli consolidati dalla tradizione secondo metodi leali e costanti. Molte operazioni vengono ancora eseguite a mano come nel Medioevo: la selezione dei bulbi, la raccolta dei fiori nelle prime ore mattutine, la mondatura, l'essiccazione presso il fuoco. Il prodotto è presente nella ristorazione e in alcune specialità locali, anche in connessione con altri prodotti tipici sangimignanesi, come il pane con la vernaccia e lo zafferano, e la schiacciata con lo zafferano. Dalla consultazione di alcuni testi come ad esempio il "libro della cocina" di Anonimo Toscano del secolo XIV si nota come l'importanza in cucina dello zafferano sia oggi ridimensionata rispetto al passato. Infatti lo zafferano costituiva l'ingrediente fondamentale di piatti come "i pestelli", "la peverata", "l'agliata", "la porrata" così come di alcuni formaggi. Questa disattenzione a carico dello zafferano è da imputare soprattutto ad uno stravolgimento del costume che negli ultimi decenni ha penalizzato non poco le pratiche ed i prodotti tradizionali. Oggi per fortuna si assiste ad una inversione di tendenza che dà vita a tutta una serie di iniziative e manifestazioni. Da anni, nel periodo autunnale, in occasione delle operazioni di mondatura del croco, si svolge a San Gimignano una festa "giallo come l'oro", che ha lo scopo di richiamare l'attenzione del pubblico sugli aspetti culturali legati al consumo del prodotto.