Oltre ai controlli generali adottati per qualsiasi prodotto della medesima tipologia, sia esso agricolo che alimentare, per un prodotto certificato DOP sono attuati lungo tutta la filiera produttiva quei controlli volti a garantire che quanto specificato in ciascun disciplinare venga effettivamente attuato affinchè le qualità finali del prodotto siano effettivamente riscontrabili da chi lo utilizzerà.

Si tratta di controlli, documentali e sul prodotto, di forma e di sostanza che vengongono effettuati in ogni fase di produzione e il prodotto certificato alla fine come DOP deve rispettare il profilo tracciato nel disciplinare di produzione approvato.

I controlli sono descritti e cadenzati in un apposito Piano di Controllo definito da un Organismo di Controllo, obbligatorio, appositamente incaricato alla verifica di conformità del prodotto certificato rispetto al disciplinare. Tale Organismo di Controllo verifica inoltre che la parte di attività in autocontrollo degli operatori sia effettivamente attuata.

A sua volta l'attività dell'Organismo di Controllo è controllata dall'Ispettorato Centrale della tutela della qualità e repressione delle frodi in accordo con  il Settore Servizio fitosanitario regionale e di vigilanza e controllo agroforestale.